Les relations de l'administration municipale avec les autorités d'occupation passèrent pour une part, par la Préfecture régionale de Bordeaux. Pour l'autre part, des relations directes furent établies par la Standortkommandantur locale avec le maire considéré par les occupants comme le premier responsable de la bonne exécution des exigences formulées. A l'automne de 1940, un officier de la première Kommandantur ayant exigé la réquisition par le maire sur la place publique de 40 personnes pour exécuter des corvées, trouvant que le travail n'avançait pas assez rapidement, tendit insolemment au maire un balai pour qu'il donnât l'exemple. Comme il refusait, l'officier menaça de le frapper. Les relations furent moins tendues entre 1942 et 1944 lorsque les chefs de cette Standortkommandantur (major Steger et major Martin) furent des officiers moins nazis que les précédents.

Le problème essentiel des Mérignacais resta pendant toute la période celui de l'alimentation. Les mots-clés furent ravitaillement, rationnement, cartes, coupons, distributions réduites, avec pour corollaire troc, récupération et, dans de telles circonstances, l'inévitable marché noir sur lequel un voile pudique reste jeté. La mise en culture potagère des jardins et des parcs d'agrément connut une émulation certaine (celui du château du Parc, dans le centre ville, continuait de l'être encore en 1953!).

A toutes ces misères, une enclave de souffrance fut ajoutée au sein de la cité par le gouvernement de Vichy: le camp d'internement, installé dés le début de la guerre sur le magnifique site de Beaudésert, projet avorté d'une cité olympique dans les années vingt, d'abord camp de réfugiés, semble t'il, devenu camp d'internement. Le régime de Vichy géra concurremment en Gironde d'autres camps ou centres de "séjour surveillé": Guynemer-Lindemann et Boudet à Bordeaux, camp d'Eysines, citadelle de Blaye. Le camp de Mérignac fut l'une des succursales de la maison d'arrêt de Bordeaux (Fort du Hâ) où furent rassemblés pendant quatre ans, tour à tout ou simultanément, internés politiques et syndicaux, condamnés de droit commun, "indésirables" et étrangers, trafiquants du marché noir, juifs, proxénètes, prostituées, réfractaires du S.T.O., raflés sans papiers, "dissidents" et "terroristes". C'est de ce camp français qui paraît avoir rassemblé, selon les moments, de cinq cents à six cents personnes, surveillées par une soixantaine de gendarmes et de gardes civils, et dont le régime ne peut être assimilé à celui d'un camp de concentration allemand, que furent extraits sur exigences des autorités d'occupation des otages fusillés à Souge ou à Bordeaux, des déportés (communistes, résistants, juifs, réfractaires) pour les camps de concentration et les camps d'extermination du Grand-Reich allemand. Armand Gayral, 36 ans, de Mérignac, était des 50 otages communistes et gaullistes fusillés à Souge le 24 octobre 1941. Gérard Blot, 25 ans, Marcel Jougourd, 28 ans, Gabriel Dupuy, 29 ans, Robert Laurent, 37 ans, natifs, habitants ou travailleurs de Mérignac, furent des 70 otages militants, syndicalistes et communistes fusillés à Bordeaux le 21 septembre 1942. Des membres des familles Lopès (six), d'Arlac, et Torrès (onze), de Jolibois, juives, installées à Mérignac bien avant la guerre, ne revinrent pas du camp d'Auschwitz où ils disparurent probablement le 25 janvier 1944.

Outre le camp d'internement, le gouvernement de Vichy installa provisoirement à Mérignac l'École nationale de la police dans le château du Parc (1942? - 1943)