L'exode de juin 1940 amène à Bordeaux le gouvernement et les hommes politiques les plus influents de l'époque.

Le drame de la capitulation et de la déchéance de la République est à son maximum. Les protagonistes s'affrontent dans l'affolement général.

Fernand Audeguil offre sa maison au leader du parti socialiste Léon Blum, bafoué, injurié, menacé par les membres du P.P.F. et autres partis hitlériens, et la maison devient le siège du dernier carré de ceux qui tentaient de résister à tous les abandons. Sa maison est vraiment la première maison résistante.

Fernand Audeguil ne tarde pas, à son tour, à être menacé. Il lutte jusqu'à la dernière minute, jusqu'au dernier espoir dans le cadre politique qui lui est imparti. Il prononce, les 18 et 19 juin, deux discours de protestation à la politique défaitiste de Laval dans une salle de l'école Anatole France et dans la salle des Commissions réunies de l'hôtel de ville de Bordeaux, où il signale en particulier que la ligne de la Méditerranée vaut bien la ligne Maginot, que ne pouvaient désespérer que ceux qui ne situaient le conflit que dans son cadre national, et non dans le cadre européen et même mondial où il ne pourrait pas ne pas évoluer. Paroles historiques et prophétiques. Il a, en ces journées tragiques, de violentes altercations avec Pierre Laval.

Le 10 juillet 1940, à son poste à Vichy, il vote évidemment contre Pétain avec les quatre-vingts, et c'est un de ses plus beaux titres politiques. Il est juste et il nous plaît de signaler et son courage et sa clairvoyance.

Il est rayé de l'Université qu'il avait servie avec la conscience et le talent que l'on sait. En octobre 1940, il porte au préfet sa démission d'administrateur de l'hospice Bardère.

Fernand Audeguil commence bientôt son action clandestine de regroupement des membres du P.S. et prend la tête des C.A.S. (Comité d'Action Socialiste) et embrigade des résistants pour la lutte contre l'occupant, dans l'organisation dénommée "Libération", dont il devient un des chefs.

Liaisons militaires, relevés des plans stratégiques, constitution du pouvoir civil font l'objet de son activité jusqu'au moment où, devenu suspect, il quitte son domicile pour aller vivre au maquis. Il échappe de justesse à la Gestapo venue chez lui pour l'arrêter et perquisitionner. Il vit alors la vie dangereuse et incertaine des proscrits et des traqués jusqu'à la Libération.

Il rentre triomphant à la mairie de Bordeaux où il est nommé président de la Délégation spéciale chargée d'administrer la ville, où ses concitoyens l'ont confirmé dans ses fonctions.

C'est bien, c'est juste, c'est heureux.

Les principaux lieutenants de Fernand Audeguil étaient:
Pinsolle Bertrand (Bertrand), Brettes Robert (Santerre), Blanc Jean (Nogaro), Domengine Edgard (Dominique), Pourqué Paul (Lucien), Malbos Georges (Georges).